《解深密经》的核心思想在论证一切外境外法与识的关系，认为一切诸法乃识之变现，阿赖子耶识是生死轮回的主体，是万物生起的种子。经中还提出了著名的“三性”、“三无性”问题，并深入地论述了一切虚妄分别相与真如实性的关系。